This is the institutional Repository of the Helmholtz Centre for Infection Research in Braunschweig/Germany (HZI), the Helmholtz Institute for Pharmaceutical Research Saarland (HIPS), Saarbrücken/Germany, the TWINCORE Zentrum für Exprerimentelle und Klinische Infektionsforschung, Hannover/Germany,Helmholtz-Institut für RNA-basierte Infektionsforschung (HIRI), Würzburg/Germany, Braunschweig Integrated Centre for Systems biology (BRICS), Centre for Structural Systems Biology (CSSB) the Study Centre Hannover, Hannover/Germany and the Centre for Individualised Infection Medicine (CiiM).
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Marktdaten zur Biotechnologie - Produkte und ReaktorenAufgrund der hohen Wachstumsraten, die vielfach fiir den Biotechnologiemarkt prognostiziert werden, und gefördert durch das Biotechnologie-Programm der Bundesregierung, in dem die Entwicklung der Bioverfahrenstechnik einen hohen Stellenwert einnimmt, kann man heute beobachten, daß zahlreiche Anlagen- und Apparatebaufirmen erwägen, sich auf dem Gebiet der Biotechnologie zu betätigen und zu investieren, um so langfristig an diesem Markt teilzunehmen. Auch der Verband Deutscher Maschinen- und Anlagenbau eV (VDMA) ist sich der wachsenden Bedeutung der Biotechnologie bewußt und hat 1986 und 1987 Workshops zu diesem Problemkreis organisiert. Allerdings differieren die Erwartungen und Prognosen über den zukünftigen Biotechnologiemarkt außerordentlich stark. Selbst die Erfassung des derzeitigen Marktvolumens ist schwierig. Die Diskrepanzen ergeben sich teilweise durch unklare Definitionen darüber, welche Produkte der Biotechnologie zugeordnet werden. Bei der Abschätzung des Potentials der neuen Biotechnologieprodukte ist besonders deren Markteintritt unsicher. Viele Prognosen sind spekulativ und nicht nachvollziehbar. "Bioprognostik" stellt zur Zeit einen eigenen Markt mit nicht unbeträchtlichem Marktvolumen dar. Nach einem Bericht von N. Rau in BTF-Biotech-Forum 3 (1986) 121 sind über 300 Marktstudien, -analysen und -forschungsberichte über den Bereich der Biotechnologie erhältlich, deren Preis sich aufsummiert auf etwa 2 Mio DM beläuft. Für einzelne Studien sind bis zu 35.000 US $ zu zahlen, Seitenpreise bis zu 100 DM sind keine Seltenheit. Die Vielzahl der Prognosen allein schon verdeutlicht die Verwirrung. Mit der Herausgabe dieses Hefts bemüht sich die GBF, die Diskussion zu versachlichen, indem in Teil I - selbstverständlich ohne Anspruch auf Vollständigkeit - Daten aus Marktstudien und Analysen zusammengestellt wurden, auf deren Basis einige, wie wir meinen, konservative Schlußfolgerungen über den erwarteten Bioboom gezogen werden können. Im Teil II der vorliegenden Studie wird nur der Bioreaktormarkt betrachtet, da viele Anlagen- und Apparatebauer, besonders die, die für die Pharma-, Lebens- und Genußmittelindustrie tätig sind, hier einen günstigen Einstieg in einen lukrativen Markt vermuten.
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Statistical Analysis of DNA SequencesWereport recent results of statistical analysis of DNA sequencesin this paper. First, we show howrepetitive segments reduce the information content measured by Shannon entropies. Then, the effect of a nonuniform codon usage on the mutual information function is studied analytically. For this purpose, the concept of pseudo-exons is introduced. Finally, we discuss the modularity of DNA which can serve as a sensitive tool to distinguish DNA sequences from randomstrings.
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An Integrated Services Approach to Biological Sequence DatabasesDatabase users in molecular biology are faced with steadily increasing amounts of raw data, multiple database providers and services. Here we describe the integration of a set of previously isolated database services and demonstrate their accessibility through a uniform userinterface. A multi-layered software architecture is applied to make different degrees of service integration transparent to the user. We focus on the design of specialized gateways that integrate services differing in temporal behavior and stateless or state dependent operation. Gateways may reside on heterogeneousplatforms. A link layeris introducedto integrate individual query functions in order to interrelate simple, complex and state dependent services through a common, unique interface. It is possible to generate new complex services by a combination of multiple functions. Wedescribe the application of the World Wide Web (WWW)as the implementation framework of the interface layer. To assure interoperability of services, integrity of data resources must be supervised. Consistency control is issued by a dedicated synchronization layer.
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Algebraic Methods for the Analysis of Redundancy and Identifiability in Metabolic 13C-Labelling SystemsStationary !?C tracer experiments supply a large amount of information related to metabolic fluxes in microorganisms. The unknownintracellular fluxes can be determined from some directly measured metabolic fluxes and the fractional labelling of intracellular carbon atom pools. Metabolic ?C-Labelling Systems are modelled by large algebraic equation systems with respect to fluxes and fractional labels. Identifiability of the unknownintracellular fluxes and redundancy of measured quantities are of great importance for the design and evaluation of experiments. This contribution presents algebraic methods to treat these problemsa priori and a posteriori. The Gröbnerbasis algorithm from polynomialideal theory is shownto be capable of solving all relevant problems. Ideas from algebraic geometry prove to be helpful in designing corresponding computer algebraic solution strategies. As an application example some global results on the identifiability of bidirectional reaction steps are derived.
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Algorithmic Representation of Large RNA Folding LandscapesIn evolutionary processes on the molecularlevel, neutral alterations play an important role [Kim83]. The primary sequence of a DNA or RNA moleculeis changed by errors introduced by the replication machinery at certain rates. Such a mutation does not necessarily affect the phenotype. The molecule’s contribution to the individual’s overall fitness is mediated by its function. For non-encoding RNA, the function in turn is determined by the 3D-structure of the molecule. A mutation in the primary sequence of such an RNA molecule that does notalter its structure is called neutral.